Lima ist zudem reich an vielfältigen Museen. Das Museo Nacional de Antropología y Arqueología gewährt Besuchern reizvolle Einblicke in die peruanische Kultur in der Vor-Inka-Zeit, die Epoche der Inkas sowie die Kolonialzeit mit Keramiken und Kleidungsstücken. Das archäologische Museum beleuchtet die prä-kolumbianische Geschichte und zeigt Funde, die bis zu 3000 Jahren alt sind. Das Nationalmuseum ist nicht nur das wichtigste Museum Limas, sondern eines der bedeutendsten des ganzen Landes. Alle Kulturen Perus werden auf mehreren Stockwerken lebendig und anschaulich anhand zahlreicher Funde und Darstellungen erläutert. Im Museo de Arte de Lima kommen Kunstfreunde auf ihre Kosten. Die Ausstellung zeigt Werke von der Vor-Inka-Zeit bis zur Gegenwart.